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1. 富集分析结果展示(二)——富集分析圈图

1、富集分析结果展示(二)——富集分析圈图

输入数据 --- 富集分析结果：一共四列，第一列为富集分析term名称，第一列为这个term包含的基因个数，第三列为P值或FDR，第四列为term中包含的基因列表，基因与基因之间一“/”隔开，如下图所示。

通俗来说：富集分析是基于一个先验的知识图谱将输入内容进行聚类分析，得到聚类后结果。

富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图，但是公司默认出图实在是太丑，所以还是自己动手修改修改。常规柱状图（ggplot2）横轴为gene counts，或者用-logP也行，填充相应的用P值或者gene counts。

单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA ，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 （已注释好，数据准备见 monocle ）pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组。

GSEA分析结果最常见的是下图：图最上面部分展示的是富集分数（ES， enrichment score）值计算过程，从左至右每到一个基因，计算出一个ES值，连成线。在最左侧或最右侧有一个特别明显的峰值就是基因集表型上的ES值。

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