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代谢组学训练集和验证集(代谢组学检测方法)

代谢组学训练集和验证集(代谢组学检测方法)

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  1. 【代谢组学】代谢组学与其他组学数据的整合

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这里我们采用基于秩的检验方法,其中基因集富集分析(GSEA)是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子,它也可以应用于代谢组数据。

肝脏疾病与肝细胞分裂能力下降密切相关,并且细胞代谢对组织稳态和再生很重要。由于代谢变化是肝脏疾病的标志,因而对代谢和细胞分裂之间的联系进行了研究。

随着高通量组学平台的发展,生物医学研究大多采取了多组学技术结合的方法,不同组学来源(如遗传学、蛋白质组学和代谢组学)的数据可以通过基于机器学习(Machine Learning,ML)的预测算法进行整合,以揭示系统生物学的复杂工作。

作为系统生物学不可或缺的部分,代谢组学的特点在于其研究对象——小至分子量1500的化合物,这些微观世界的信息恰好能够揭示个体健康状况的独特特征。

数据库,如METLIN、HMDB和NPACT等,就像是知识的宝库,为鉴定化合物提供宝贵信息。GMD、MassBank、BiGG、NIST、FiehnLib、SMPDB和PubChem等,则为不同角度的代谢研究提供了详实的资源。

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