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蛋白质组学tmt,蛋白质组学三大基本技术

蛋白质组学tmt,蛋白质组学三大基本技术

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  1. itraq和tmt标记技术的区别
  2. TMT定量蛋白组学助力PRV-宿主细胞互作的分子机制研究
  3. 关于TMT/iTRAQ和DIA技术的选择?

1、itraq和tmt标记技术的区别

我们知道,TMT/iTRAQ子离子标记定量和DIA非标定量是目前蛋白质组最常用的两项技术。一般而言,小样本量,如10样本以上的项目推荐采用TMT/iTRAQ;大样本量的项目推荐采用DIA。

其实都是可以的,不过用的最多的都是ESI-itrap,很多trap联用。

其中,相对定量技术又可分为标记技术(TMT和iTRAQ)和非标记技术(label-free、DIA)。标记相对定量技术中TMT标签可增加样品通量到16个。

iTRAQ/TMT项目设计 体外等重同位素标记定量技术,可同时比较多个样本之间的蛋白表达量差异(通常10个样本以下)。

reference 是混合样本,因为无论是 TMT 还是 iTRAQ 标记都只能标记有限样本,需要一个混合样本做参照,使在不同批次间可以比较。

2、TMT定量蛋白组学助力PRV-宿主细胞互作的分子机制研究

迄今为止,应用蛋白质组学来分析PRV-宿主细胞互作机制的研究还很少。因此本文采用TMT标记定量蛋白质组学方法来比较PRV感染后宿主细胞的蛋白表达差异,为进一步揭示PRV发病机制和潜在的抗病毒靶点提供理论依据。

代谢组学(Metabonomics/Metabolomics)是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科,是研究关于生物体被扰动后(如基因的改变或环境变化后)其代谢产物(内源性代谢物质)种类、数量及其变化规律的科学。

蛋白组学常用数据库UniProt(全称UniProt Protein Resource),建立于1986年,由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的,其信息量丰富、资源广泛,是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

该团队运用全蛋白质组关联研究(proteome-wide association study,PWAS),将阿尔茨海默症(AD)队列 GWAS结果与人脑蛋白质组进行了整合,旨在鉴定通过影响脑蛋白丰度而导致AD风险的基因,深入了解这些基因座如何影响AD的发病机制。

3、关于TMT/iTRAQ和DIA技术的选择?

DIA无需指定目标肽段,扫描点数均匀,利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选,并可实现数据回溯。

其实都是可以的,不过用的最多的都是ESI-itrap,很多trap联用。

如果做iTRAQ(或TMT)标记,最好用TEAB,而不是碳酸氢铵体系。因为iTRAQ(或TMT)试剂是标记末端氨基,碳酸氢铵上的氨基也会被标记上,影响蛋白的标记效率。

技术重复是指对同一生物样品进行重复实验,可降低实验中的测量误差或背景噪音。上机重复是指是指同一样品进行重复上机检测。

蛋白定量检测技术多种多样,按照检测范围可分为靶向与非靶向技术,也可按照定量方式分为相对定量或绝对定量技术。其中,相对定量技术又可分为标记技术(TMT和iTRAQ)和非标记技术(label-free、DIA)。

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