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itraq定量分析蛋白质组学-简述定量蛋白质组学的难点

itraq定量分析蛋白质组学-简述定量蛋白质组学的难点

大家好,今天小编关注到一个比较有意思的话题,就是关于itraq定量分析蛋白质组学的问题,于是小编就整理了4个相关介绍itraq定量分析蛋白质组学的解答,让我们一起看看吧。

  1. 关于TMT/iTRAQ和DIA技术的选择?
  2. itraq和tmt标记技术的区别
  3. iTRAQ 样品为什么要等量混合起来
  4. 蛋白质组学实验设计、质控与分析

1、关于TMT/iTRAQ和DIA技术的选择?

DIA无需指定目标肽段,扫描点数均匀,利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选,并可实现数据回溯。

其实都是可以的,不过用的最多的都是ESI-itrap,很多trap联用。

如果做iTRAQ(或TMT)标记,最好用TEAB,而不是碳酸氢铵体系。因为iTRAQ(或TMT)试剂是标记末端氨基,碳酸氢铵上的氨基也会被标记上,影响蛋白的标记效率。

技术重复是指对同一生物样品进行重复实验,可降低实验中的测量误差或背景噪音。上机重复是指是指同一样品进行重复上机检测。

蛋白定量检测技术多种多样,按照检测范围可分为靶向与非靶向技术,也可按照定量方式分为相对定量或绝对定量技术。其中,相对定量技术又可分为标记技术(TMT和iTRAQ)和非标记技术(label-free、DIA)。

2、itraq和tmt标记技术的区别

我们知道,TMT/iTRAQ子离子标记定量和DIA非标定量是目前蛋白质组最常用的两项技术。一般而言,小样本量,如10样本以上的项目推荐采用TMT/iTRAQ;大样本量的项目推荐采用DIA。

其实都是可以的,不过用的最多的都是ESI-itrap,很多trap联用。

其中,相对定量技术又可分为标记技术(TMT和iTRAQ)和非标记技术(label-free、DIA)。标记相对定量技术中TMT标签可增加样品通量到16个。

iTRAQ/TMT项目设计 体外等重同位素标记定量技术,可同时比较多个样本之间的蛋白表达量差异(通常10个样本以下)。

reference 是混合样本,因为无论是 TMT 还是 iTRAQ 标记都只能标记有限样本,需要一个混合样本做参照,使在不同批次间可以比较。

3、iTRAQ 样品为什么要等量混合起来

第一种情况,由于这是同样类型的样品,比如都是小鼠肌肉组织,一个样品的蛋白质抽提充分,而另外一个样品蛋白抽提不充分,就会导致两条带不一样,这种情况下需要重新抽提。

第一种情况,由于这是同样类型的样品,比如都是小鼠肌肉组织,一个样品的蛋白质抽提充分,而另外一个样品蛋白抽提不充分,就会导致两条带不一样,这种情况下需要重新抽提。

4、蛋白质组学实验设计、质控与分析

蛋白质组学的研究策略主要包括如下:质谱法:通过测量蛋白质的质量来研究其特性,包括串联质谱技术(MS/MS)用于确定蛋白质的氨基酸序列和翻译后修饰等信息。

蛋白质样品的制备:蛋白质样品的制备是蛋白质组学研究的首要环节,也是最为重要的部分。蛋白质样品的质量直接影响到科学研究的真实性和可信度。

在应用2D-PAGE研究差异蛋白质组学问题时首先要获得要进行差异比较的组织,如肿瘤组织与癌旁正常组织,然后裂解组织和细胞,抑制蛋白酶活性,出去非蛋白质的DNA,RNA,脂类等物质,溶解蛋白质,溶解并抽提总蛋白质。

蛋白质组学的研究方法有蛋白质鉴定、翻译后修饰、蛋白质功能确定、蛋白质靶向定量技术。蛋白质鉴定:可以利用一维电泳和二维电泳并结合Western等技术,利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。

到此,以上就是小编对于itraq定量分析蛋白质组学的问题就介绍到这了,希望介绍关于itraq定量分析蛋白质组学的4点解答对大家有用。

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